Desde ésa época, las actividades de la empresa han ocasionado un aumento de conflictividad debido a sus actividades de producción extractiva minera, contaminación por la incineración o co-procesamiento de desechos peligrosos, como agroquímicos y desechos sólidos como llantas y otros. Con la quema de llantas, se liberan al aire sustancias altamente tóxicas como metales pesados, dioxinas y furanos. En 1997 la Agencia Internacional para la Investigación del Cáncer (IARC), clasificó a las dioxinas como potentes cancerígenas.

Ahorrar en el costo del combustible y deshacerse de todo tipo de residuos, hace que empresas cementeras estén quemando llantas y otros desechos tóxicos. El proceso de incineración en hornos cementeros no es un mecanismo certero para evitar la contaminación. La incineración transforma algunos contaminantes de estado sólidos a gaseosos, y en algunos casos en forma más tóxicos que las originales.

En El Salvador, según datos del Banco Central de Reserva (BCR) en 2012 se compró 12,933 toneladas de llantas usadas. En los últimos 12 años 1.4 millones de llantas equivalentes a más de 14 mil toneladas métricas han sido incineradas en el país a través de la empresa hija de Holcim, Geocycle El Salvador, “brazo ambiental” de esta y con el apoyo también de varias alcaldías. La propia empresa Holcim Holcim asegura en su publicidad estar "muy comprometido con el desarrollo sostenible, la protección del medio ambiente y la responsabilidad social. Siguiendo estos lineamientos, ha desarrollado su programa de co-procesamiento en el cual se aprovechan las características técnicas de los hornos de producción de clinker para disponer los desechos, dando un servicio a la sociedad. Geocycle es la empresa del grupo Holcim, creada para prestar este servicio. Existen mas 35 unidades de Geocycle por todo el mundo prestando servicios de co-procesamiento". El inadecuado manejo de los desechos sólidos es una seria problemática, los rellenos sanitarios ya no dan abasto y la basura es deposita en lugares a cielo abierto e inadecuados como quebradas, ríos, barrancos, etc. Por lo tanto, parte de los desechos tienen como disposición final los hornos incineradores de las cementeras. Por otro lado, el humo toxico de la quema de llantas afectan la salud física de todos los seres vivos, atacan al sistema respiratorio, dando lugar a la aparición inmediata o progresiva de enfermedades bronco-respiratorias, ahogos, asma y cáncer pulmonar. Desde los gobernantes en El Salvador poco o nulo es el interés para tratar la problemática, no existen políticas que atiendan este problema. Pocos son los municipios que le dan tratamiento a sus desechos a través del compostaje y también es poca la educación y conciencia de las personas en general sobre este problema. Actualmente, más allá de la quema de llantas, Amigos de la Tierra El Salvador (CESTA) junto con otras organizaciones ha logrado detener la incineración de tóxicos en los hornos de Cemento de Holcim como consecuencia del trabajo de denuncia. En este 2014 se detuvo la incineración de 19 toneladas de tóxicos, 6 de Toxafeno, 12 de Sponto y 1 de Paratión metílico. El esfuerzo continúa y se espera concrete con la prohibición definitiva de desechos sólidos peligrosos a través de un decreto legislativo.

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Las plantas procesadoras en El Salvador son las siguientes:

-Planta de Cemento Maya. Producción de Cemento. Hacienda La Soledad, Cantón Tecomapa, Metapán, Santa Ana, El Salvador.

-Planta de Coprocesamiento Geocycle. Co procesamiento. Soluciones Ambientales. Caserío El Ronco, Cantón Tecomapa, Metapán, Santa Ana, El Salvador.

-Planta de Generación Eléctrica. Generación de Energía Eléctrica. Energía Eléctrica. Caserío El Ronco, Cantón Tecomapa, Metapán, Santa Ana. El Salvador

-Planta de Bolsas de Centroamérica. Producción de Bolsas de Papel. Bolsas de Papel. Carretera Internacional Km. 114 1/2, Metapán, Santa Ana, El Salvador

-Planta de Concreto Chanmico. Producción. Concreto. Km 3 ½, Carretera San Juan Opíco, Caserío Chanmico, Cantón Sitio del Niño, San Juan Opíco, El Salvador

-Planta de Coprocesamiento Geocycle. Co procesamiento. Soluciones Ambientales. Plantel San Andrés, Km. 25, Carretera a Santa Ana, Lourdes, Colón, La Libertad, El Salvador

-Planta de Concreto Santa Tecla. Producción. Concreto. Km. 9 1/2 Carretera Panamericana, Santa Tecla, El Salvador

Oficinas Administrativas. Ave. El Espino y calle Holcim, Urb. Madreselva, Antiguo Cuscatlán, La Libertad, El Salvador

-Planta de Concreto San Miguel. Producción. Concreto. Carretera Antigua a la Unión, 250 Mt Nororiente del Puente Las Carretas, Hacienda La Pradera, San Miguel, El Salvador