En 1999 se inician las protestas de algunos de los asentamientos cercanos debido a la contaminación de agua, fétidos olores y la falta de control de los residuos. Ante dichas protestas el Servicio de Geología y Minería (SERGEOMIN) realiza un diagnóstico de la situación del relleno sanitario K´ara K´ara, definiendo que el terreno es una zona de recarga de acuíferos, el sitio del botadero se encuentra aguas arriba, generando la contaminación de agua superficial y subterránea con lixiviados y metales pesados, así como la contaminación del suelo, a esto se suma que la disposición de residuos no se realizaba de forma adecuada y no existía una gestión en el manejo. A pesar de los resultados de dicho diagnóstico, el botadero continuó funcionando sin mayores cambios, las comunidades continuaron las marchas y protestas a la ciudad de Cochabamba. En 2001 la Contraloría establece la realización de una auditoría ambiental al botadero y a la Empresa Social de Servicios de Aseo (EMAS) empresa pública descentralizada del municipio de Cercado, encargada de la recolección y disposición de los residuos sólidos. Los resultados de la auditoria señalaron contaminación del agua subterránea y suelos por lodos de curtiembre, recomendando el cierre del botadero a la brevedad posible.

La Prefectura, ante el aumento de las protestas y como máxima autoridad ambiental sancionó a la alcaldía y a EMAS por incumplimiento de manifiesto de impacto ambiental mediante Resolución Prefectural: 017/01; 264/02 y 255/04.

En 2003 las comunidades deciden realizar un plantón en la entrada al botadero, negando la entrada a camiones durante 3 meses, esto representó un problema para la ciudad de Cochabamba al inundarse de residuos. Ante las constantes presiones que la población realizó, el gobierno ofreció mejoras en servicios públicos, caminos e infraestructura comunitaria para que la población permitiera el acceso de los camiones al botadero, iniciando la firma de diversos acuerdos con la promesa del cierre definitivo.

Estos hechos promovieron el asentamiento urbano en la zona (por la mejora en la infraestructura), presentado un aumento en la población y la creación de nuevos barrios, con lo cual las demandas de las comunidades iniciales se transformaron en demandas de servicios públicos por los nuevos habitantes. Incluso el gobierno llegó a establecer que se pagaría 0.7 ctvs. de dólar por cada tonelada de basura que se depositara como medida de negociación por las afectaciones que produce el botadero, la cual fue aprobada por los nuevos residentes y mediada por algunos dirigentes, sin embargo parte de la población no está de acuerdo al mencionar que el ambiente no es una mercancía. Las protestas han continuado mientras el problema de contaminación no se resuelve y diversos intereses intervienen en las demandas al gobierno. En 2008 el Ministerio de Medio Ambiente y Agua realiza una inspección en el lugar determinando como peligro inminente el botadero de K´ara K´ara solicitando una auditoría ambiental de contingencia, argumentando que es todo lo que puede hacer. El poder legislativo se pronunció para declarar desastre ambiental al botadero.  Hay riesgo de incendios. En 2009 los vecinos de la zona interponen una acción popular ante la Corte Superior de Justicia, quien mediante resolución determina que a partir del 1 de Enero de 2010 queda prohibido depositar residuos en el K´ara K´ara por contaminación ambiental y a fuentes subterráneas.

La superficie actual del botadero en K´ara K´ara alcanza 40 hectáreas, el volumen del relleno de basura en el botadero asciende a 1.246.980 m3, EMSA estima que se depositan 314 kg por metro cúbico, aproximadamente se tienen depositadas 352, 396,9 toneladas de basura en el botadero.

Solo en la ciudad de Cochabamba se generan entre 450 a 600 toneladas de basura que son recogidas por 22 carros de EMSA, a finales de 2014 la administración del botadero se unió a la empresa Colina para realizar el tratamiento y aprovechamiento de algunos residuos.

Sin embargo, desde esta fecha se vienen realizando diversos acuerdos que postergan el cierre del botadero, mediante mejoras técnicas hasta promover la expansión de utilidad hasta por 10 años. Algunos grupos como la Federación de Juntas Vecinales (FEJUVE) y otros dirigentes aprovechan para pedir el cambio de uso de suelo para legalizar barrios, las protestas continúan por los grupos que expresan la contaminación ambiental. Actualmente el cierre se tiene proyectado para diciembre de 2015.

A pesar de que las comunidades implementaron una acción popular por la contaminación del botadero que fue aprobada por la Suprema Corte de Justicia la cual demandaba el cierre del botadero en Enero de 2010. Ante los intereses de líderes gremiales, se ha firmado acuerdos que han postergado el cierre, incluso se están implementado mejoras técnicas para que el botadero continúe funcionando por diez años más.

En abril 2016, un gran incendio de llantas contaminó las comunidades que se encuentran en los alrededores del botadero de basura, entre ellas: Arrumani, K’ara K’ara y Pampa San Miguel donde viven miles de familias en condiciones precarias. La prensa reportó que “la contaminación está afectando a más de 2.000 familias que habitan en el lugar”. 

En abril 2016, las poblaciones de K’ara K’ara, Arrumani y Pampa San Miguel sufren la peor crisis de contaminación atmosférica por el incendio generado en el depósito de llantas del botadero. Los neumáticos estaban acumulados desde hace una década sin un plan de reducción y cerca del área que soporta la presión de los asentamientos.